BTSを今更ながら調べてみましたけど、いろいろあるんですねー。
ツールの開発言語くらいの違いかなぁ、なんて思ったんですけど。
・SVNとかの構成管理との連携が可能
（誰がコミットしたか、なんて情報が見れる）
・担当している問題の一覧がわかる
・問題が無いのに構成管理にソースをコミットさせない
（こっそり更新をなくす）
・データをファイルシステムでなく、DBに格納できる
（頑張れば後でよさげなBTSがあった時移行も楽？）
があれば良いと思いました。
後は好みの問題。
BTSを何にするかよりも、どう運用するかを議論したほうが大事かも。
組織内の啓蒙の方が大変だと思う・・・。
いざ導入しようとしたけど、どう運用するかわからずに結局使わないとか・・・。
組織に合うものはそれに属している人じゃないとわからないし。
個人的な一押しはredmineですね。
